연구개발특구진흥재단(https://www.innopolis.or.kr) 연구소기업 등록 요건과 신청 서류
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연구개발특구진흥재단은 연구개발특구의 기술사업화를 지원하는 기관입니다. 아래에서 연구소기업의 요건, 설립 유형과 절차, 등록 신청 서류, 법인세 감면 조건, 특구별 담당 창구, 사업공고와 기업성장응답센터까지 정리했습니다.
체크 포인트
본사 등기만 특구 안 — 공장·연구소 위치는 따지지 않습니다 · 법인세 3년 100%·2년 50% — 2028년 12월 31일까지 등록한 연구소기업 · 서류는 1개월 안 발급분 — 등기부등본·주주명부, 주민등록번호는 가림
연구개발특구진흥재단 연구소기업 — 요건 네 가지
연구개발특구진흥재단 누리집은 연구소기업을 ‘공공연구기관의 기술을 직접 사업화하기 위해 연구개발특구 안에 설립하는 기업’으로 설명합니다. 근거는 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의3과 같은 법 시행령 제13조입니다. 요건 네 가지를 모두 갖춰야 합니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 설립주체 | 공공연구기관(국립연구기관·정부출연연구기관·대학 등), 산학연협력 기술지주회사, 신기술창업전문회사, 공공연구기관첨단기술지주회사 |
| 설립목적 | 공공연구기관의 기술을 직접 사업화 |
| 출자비율 | 설립주체가 단독 또는 공동으로 자본금의 10% 이상 주식(지분) 보유 |
| 기업소재지 | 연구개발특구 안 |
| 소재지 기준 | 본사 설립등기 기준, 공장·연구소 소재지는 무관 |
| 설립 방식 | 단독 또는 공동 설립 |
가장 많이 헷갈리는 것이 소재지입니다. 재단은 본사 소재지의 설립등기를 기준으로 보고 공장이나 연구소의 소재지는 문제되지 않는다고 밝힙니다. 생산 시설이 특구 밖에 있어도 본사 등기가 특구 안이면 소재지 요건을 채웁니다.
출자비율은 설립주체 쪽 기준입니다. 공공연구기관 등이 자본금의 10% 이상을 갖고 있어야 하므로, 기술이전만 받고 지분 출자가 없는 기업은 연구소기업이 아닙니다.
연구개발특구진흥재단 연구소기업 설립 유형과 절차
연구소기업은 누가 사업화를 이끄느냐에 따라 세 가지로 나뉩니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 합작투자형 | 연구기관과 기존기업이 기술·현금을 공동출자해 새 기업 설립 |
| 기존기업전환형 | 연구기관이 기존기업에 기술 등을 현물출자해 연구소기업으로 전환 |
| 신규창업형 | 연구기관과 신규창업자가 기술·현금을 공동출자해 새 기업 설립 |
| 설립 준비 | 기술이전 협의 → 기술가치평가 → 지분출자 → 법원 등기 |
| 등록 접수 | 연구개발특구진흥재단(신청서 접수·요건 검토·등록 신청) |
| 등록 승인 | 과학기술정보통신부 |
설립까지는 이런 순서를 밟습니다.
- 설립 대상 기술을 찾고 발굴합니다.
- 기술가치평가로 설립 타당성을 검토합니다.
- 공동출자할 기업을 찾아 선정합니다.
- 연구소기업 설립 기본 합의서를 맺습니다.
- 지분출자와 법원 등기를 마친 뒤 재단에 등록을 신청합니다.
등록은 법인을 먼저 세운 다음 하는 절차입니다. 신청 서류에 연구소기업의 법인등기부등본과 사업자등록증이 들어가기 때문입니다. 재단은 등록 뒤에도 기술가치평가 지원, 전략육성(R&BD) 맞춤형 지원, 후속 연계지원으로 단계별 육성을 한다고 안내합니다.
연구개발특구진흥재단 연구소기업 등록 신청 서류
재단이 공개한 ‘연구소기업 등록 신청서류 안내(2024년)’에는 서류가 18가지로 정리돼 있습니다.
| 구분 | 서류 |
|---|---|
| 신청 문서 | 등록 신청 공문(출자기관 → 재단), 등록 신청서, 성실이행확약서, 개인정보 동의서 |
| 회사 서류 | 정관, 보유인력·시설 현황, 사업계획서(사업타당성평가 포함), 현황자료(한글파일) |
| 지분 서류 | 주주명부·주식보유명세서 (신청일 기준 1개월 내) |
| 출자기관 서류 | 의사결정 서류(내부품의서·이사회 의사록), 법인등기부등본(1개월 내), 사업자등록증 |
| 기술 서류 | 현물출자계약서 또는 기술이전계약서, 특허 증빙, 기술가치평가서(현물출자 시) |
| 기타 | 연구소기업 법인등기부등본(말소사항 포함, 1개월 내), 사업자등록증, 설립·운영 약정서 |
막히기 쉬운 지점이 몇 가지 있습니다.
- 정관·주주명부처럼 주민등록번호가 적힌 서류는 반드시 삭제하거나 가린 사본을 냅니다.
- 신규창업형을 현물출자로 세웠다면 현물출자자의 성명, 재산 종류·수량·가격, 출자좌수가 정관에 적혀 있어야 합니다(상법 제544조).
- 보유인력·시설 현황은 본점 현황을 확인할 수 있게 써야 합니다.
- 특허 증빙은 특허등록원부·공보·명세서처럼 기술 내용이 확인되는 서류여야 합니다.
신청서(시행규칙 별지 제4호서식)의 처리기한은 40일, 수수료는 없습니다. 재단이 접수·확인하고 과학기술정보통신부가 등록증을 발급합니다. 온라인 신청은 재단 사업관리시스템으로 연결됩니다.
연구개발특구진흥재단 연구소기업 법인세 감면 조건
연구소기업의 가장 큰 혜택은 법인세 감면입니다. 근거는 조세특례제한법 제12조의2이고, 2026년 9월 시행 법령 기준으로 정리하면 이렇습니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 대상 | 2028년 12월 31일까지 등록한 연구소기업 |
| 감면율 | 처음 3년 100%, 다음 2년 50% |
| 시작 연도 | 감면사업에서 최초로 소득이 난 과세연도 |
| 소득이 늦게 날 때 | 등록 후 5년이 되는 날이 속한 과세연도부터 |
| 감면 한도 | 투자누계액의 50% + 상시근로자 수 × 1,500만원 |
| 청년·연구 우수인력 등 | 상시근로자 1인당 2,000만원으로 계산 |
감면 뒤에도 지켜야 할 조건이 있습니다. 감면받은 뒤 감면대상사업장을 연구개발특구 밖으로 옮기거나 폐업·해산하면 감면세액에 이자상당가산액을 더해 냅니다. 상시근로자 기준 한도를 쓴 기업이 2년 안에 근로자 수를 줄여도 감면세액을 다시 냅니다. 등록이 취소되면 그 해부터 감면이 멈춥니다.
감면은 자동이 아니라 감면신청을 해야 적용됩니다. 지방세 감면도 있지만 재단은 특구별 시세·도세·구세 감면 조례에 따라 다를 수 있다고 안내하므로 해당 지자체에 확인합니다. 특구육성사업에 지원할 때는 우대를 받습니다(사업별 공고문 기준).
연구개발특구진흥재단 특구별 연구소기업 담당 전화
연구소기업 등록 상담은 특구별 담당 팀이 맡고, 특구마다 번호가 다릅니다.
| 특구 | 담당 전화 |
|---|---|
| 대덕특구 | 기술창업지원팀 042-865-8982 |
| 광주·대구특구 | 광주 062-603-5025 · 대구 053-592-8355 |
| 부산·전북특구 | 부산 051-293-4875 · 전북 063-905-9752 |
| 강원특구 | 042-865-7083 |
| 강소특구 1팀 | 홍릉·인천·안산·천안아산·청주·군산 — 031-400-4835 |
| 강소특구 2팀 | 김해·진주·창원·포항·울주·구미·나주 — 042-865-7094 |
강원특구는 2025년에 추가 지정된 곳입니다. 강소특구는 2019년(안산·김해·진주·창원·포항·청주)과 2020년(구미·군산·나주·울주·홍릉·천안아산), 2022년(인천·춘천)에 지정됐습니다.
재단 본부는 대전 유성구 엑스포로123번길 27-5에 있고 대표 전화는 042-865-8800입니다. 누리집의 ‘특구 소개’ 화면에는 특구 연혁과 가이드맵 바로가기가 있습니다.
연구개발특구진흥재단 사업공고와 기업성장응답센터
재단은 연구소기업 말고도 특구 기업을 위한 지원사업을 공고합니다. 첫 화면의 사업공고에서 ‘진행중’ 공고를 볼 수 있고, 2026년 10월에는 공공기술 사업화용 기술평가 지원기업 모집, 강소특구 특화성장 지원사업, 대기업과의 오픈이노베이션 참여기업 모집 등이 올라와 있습니다.
| 구분 | 창구 |
|---|---|
| 사업공고 | 첫 화면 사업공고 · 특구별 진행중 공고 |
| 교육·행사 | 교육·행사 일정 메뉴 |
| 사업 신청 | 사업관리시스템 |
| 규제·애로 신고 | 기업성장응답센터 |
| 단순 불편·정보 요청 | 특구재단 고객의 소리 게시판 |
| 정부부처 규제 | 국무조정실 규제개혁신문고 |
기업성장응답센터는 재단의 규제·정책·사업 때문에 생긴 애로나, 규제 애로를 냈다는 이유로 재단 임직원에게 불이익을 받은 경우를 신고하는 곳입니다. 신청 → 접수 → 검토·협의 → 답변 → 개선 결과 또는 유지 필요성 공표 순서로 처리됩니다.
재단은 기존 규제의 유지 필요성을 입증하지 못하면 개선하는 ‘규제입증책임제’를 운영하고, 유지가 필요한 건은 규제입증위원회 심의 결과를 회신합니다. 담당 전화는 개발·관리 분야 042-865-8967, 사업 분야 042-865-8833, 기타 분야 042-865-8824입니다.
연구개발특구진흥재단 자주 묻는 질문
Q. 연구개발특구진흥재단 연구소기업은 공장도 특구 안에 있어야 하나요?
아닙니다. 재단 안내에 따르면 소재지 요건은 본사 설립등기 기준이고, 공장이나 연구소의 소재지는 문제되지 않습니다.
Q. 연구개발특구진흥재단 연구소기업의 출자 요건은 무엇인가요?
공공연구기관이나 기술지주회사 같은 설립주체가 단독 또는 공동으로 연구소기업 자본금의 10% 이상 주식(지분)을 보유해야 합니다.
Q. 연구소기업 법인세 감면은 언제까지 등록해야 받나요?
조세특례제한법 제12조의2에 따라 2028년 12월 31일까지 등록한 연구소기업이 대상입니다. 처음 소득이 난 과세연도부터 3년간 100%, 다음 2년간 50%를 감면하고 감면 한도가 있습니다.
Q. 연구개발특구진흥재단 연구소기업 등록은 얼마나 걸리나요?
등록 신청서 서식의 처리기한은 40일이고 수수료는 없습니다. 재단이 접수·검토한 뒤 과학기술정보통신부가 등록증을 발급합니다.
Q. 연구소기업 등록 서류의 발급 기한이 있나요?
주주명부·주식보유명세서와 연구소기업·출자기관의 법인등기부등본은 신청일 기준 1개월 안에 발급한 것이어야 합니다. 주민등록번호가 적힌 서류는 가리고 사본을 냅니다.
연구개발특구진흥재단의 연구소기업은 공공연구기관이나 기술지주회사가 자본금의 10% 이상을 출자해 그 기관의 기술을 직접 사업화하는 기업입니다. 특구 안에 있어야 하는 것은 본사 설립등기이고 공장이나 연구소 위치는 따지지 않습니다. 법인을 세운 뒤 재단에 등록을 신청하며, 서류는 18가지이고 등기부등본과 주주명부는 신청일 기준 1개월 안에 발급한 것이어야 합니다. 처리기한은 40일, 수수료는 없고 등록증은 과학기술정보통신부가 발급합니다. 2028년 12월 31일까지 등록하면 처음 소득이 난 해부터 3년간 법인세 100%, 다음 2년간 50%를 감면받지만 특구 밖으로 옮기거나 폐업하면 감면세액을 다시 냅니다. 등록 상담은 대덕 042-865-8982 등 특구별 담당 번호로 합니다.